貝爾納的《實驗醫學研究導論》的寫作目的，在於追求醫學的科學化，反對醫學經驗論。醫學的科學化只有透過實驗方法，實驗方法本身即是推理，借助推理，使觀念有條理地服從事實的檢驗。(2)實驗醫學分成三個部份：生理學、病理學與治療學。(1)生理學建立常態的基礎，病理學則認識病態及異常，在認識正常、異常的基礎上，才能理解藥物的治療作用與毒性。(1)這本書的重點，在於將科學方法使用於醫學，使醫學科學化。
在第一篇《論實驗的推理》中，貝爾納分了兩章，一為＜論觀察與實驗＞，一討論＜實驗推理中的先驗觀念與懷疑精神＞。
在第一章，他首先提出了關於觀察與實驗的各種定義，最後加以反駁。接下來第二節，他提出自己關於觀察與實驗的定義。他指出「觀察是一種搜求事實的研究方法，而實驗則是一種獲得知識的手段，它應用事實並使事實成為實驗方法的依據與標準」(13)他討論了與「實驗」相關的字「經驗」(experience)[1] 。最後指出「實驗的全部認識包含有三個階段：作了觀察、樹立了比較觀念和論証了判斷。因此，所謂的實驗的方法，正是對我們周圍的事物下一個『判斷』，借助另一個能檢驗該判斷並能得出『經驗』的事實作為『標準』。」(15)因此，實驗的推理透過觀察作出發點搜集事實，透過實驗而獲得結論。
在第三節，他＜論研究者與科學研究＞，指出「科學研究的技巧是一切實驗科學的試金石。」(15)他強調運用適當方法來嚴密驗証與揭示事實，指出細節的重要性。(16-7)他說「一切實驗科學進步都以它的研究方法的改進程度來來衡量。實驗醫學的前途寄託在對常態的與病態的生命現象的研究時有成效地使用研究方法的創造上。」(16)他非常強調實驗研究方法上細節的重要性，這些細節的改進是通往科學真理的路徑。
在第四節＜觀察者與實驗者；觀察的科學與實驗的科學＞，貝爾納區分了兩種研究者，觀察者只觀察，不變更自然條件，直接研究自然現象，如天文學者；實驗者則是透過某些方法，變更現象，研究變更了的現象。「觀察的科學」，是一種由對自然觀察的事實加以推理的一種科學；「實驗的科學」則是由實驗者自己創造的和決定的條件所獲得的實驗事實而加以推理的一種科學。不論是觀察的科學，還是實驗的科學，兩者都需要「實驗的推理」，即透過事實的比較作出判斷，只是前者的事實只由觀察獲得，後者則透過實驗，或是實驗與觀察並行而獲得。因此，兩者的推理是相同的。他說「歸根結蒂，一切科學推理的方式都相同，都具有相同的目的。它們都想要認識自然現象的規律，為了能預見、改變和控制這些現象。」(20)儘管兩者從哲學方法的角度來看無甚區別，但是從人類利用手段以達到收獲的能力來看，兩者區別又非常明顯，他稱觀察的科學為「消極性的科學」，稱實驗的科學為「積極性的實驗科學」。他認為後者使「人類成為現象的創造者，成為真正的造物主，隨著實驗科學的未來進展，人在自然中獲得的能力可以無限發展。」(20)他討論的用意是為了推導出醫學必須從消極的科學進步到積極的科學，他希望將醫學改造成實驗醫學。
在第一篇《論實驗的推理》中，貝爾納分了兩章，一為＜論觀察與實驗＞，一討論＜實驗推理中的先驗觀念與懷疑精神＞。
在第一章，他首先提出了關於觀察與實驗的各種定義，最後加以反駁。接下來第二節，他提出自己關於觀察與實驗的定義。他指出「觀察是一種搜求事實的研究方法，而實驗則是一種獲得知識的手段，它應用事實並使事實成為實驗方法的依據與標準」(13)他討論了與「實驗」相關的字「經驗」(experience)[1] 。最後指出「實驗的全部認識包含有三個階段：作了觀察、樹立了比較觀念和論証了判斷。因此，所謂的實驗的方法，正是對我們周圍的事物下一個『判斷』，借助另一個能檢驗該判斷並能得出『經驗』的事實作為『標準』。」(15)因此，實驗的推理透過觀察作出發點搜集事實，透過實驗而獲得結論。
在第三節，他＜論研究者與科學研究＞，指出「科學研究的技巧是一切實驗科學的試金石。」(15)他強調運用適當方法來嚴密驗証與揭示事實，指出細節的重要性。(16-7)他說「一切實驗科學進步都以它的研究方法的改進程度來來衡量。實驗醫學的前途寄託在對常態的與病態的生命現象的研究時有成效地使用研究方法的創造上。」(16)他非常強調實驗研究方法上細節的重要性，這些細節的改進是通往科學真理的路徑。
在第四節＜觀察者與實驗者；觀察的科學與實驗的科學＞，貝爾納區分了兩種研究者，觀察者只觀察，不變更自然條件，直接研究自然現象，如天文學者；實驗者則是透過某些方法，變更現象，研究變更了的現象。「觀察的科學」，是一種由對自然觀察的事實加以推理的一種科學；「實驗的科學」則是由實驗者自己創造的和決定的條件所獲得的實驗事實而加以推理的一種科學。不論是觀察的科學，還是實驗的科學，兩者都需要「實驗的推理」，即透過事實的比較作出判斷，只是前者的事實只由觀察獲得，後者則透過實驗，或是實驗與觀察並行而獲得。因此，兩者的推理是相同的。他說「歸根結蒂，一切科學推理的方式都相同，都具有相同的目的。它們都想要認識自然現象的規律，為了能預見、改變和控制這些現象。」(20)儘管兩者從哲學方法的角度來看無甚區別，但是從人類利用手段以達到收獲的能力來看，兩者區別又非常明顯，他稱觀察的科學為「消極性的科學」，稱實驗的科學為「積極性的實驗科學」。他認為後者使「人類成為現象的創造者，成為真正的造物主，隨著實驗科學的未來進展，人在自然中獲得的能力可以無限發展。」(20)他討論的用意是為了推導出醫學必須從消極的科學進步到積極的科學，他希望將醫學改造成實驗醫學。
摘要區 (8)